Bước 1: Cơ sở nộp hồ sơ về Cơ quan địa phương do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định dựa trên phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tình hình thực tiễn của địa phương và đề xuất của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (sau đây gọi là Cơ quan có thẩm quyền).

Bước 2: Trong thời hạn 12 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cơ quan có thẩm quyền kiểm tra thực tế điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm tại cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm; nếu đủ điều kiện thì phải cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; trường hợp từ chối thì phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.